La población misquita es descendiente de las tribus Chibchas, quienes vivieron en los bosques bajos del norte de América del Sur antes de la llegada de los europeos. El nombre misquito, posiblemente provenga o este relacionado al "mosquete" que era el fusil introducido por los ingleses y que se negociaba en aquella costa.
El origen de los misquitos como grupo étnico, no está claro. Los misquitos mismos y muchos estudiosos consideran que ellos siempre han sido misquitos. Algunos autores coinciden en que el pueblo misquito surgió en el siglo XVII, de una mezcla social y biológica de bawinkas, tawahkas (sumos), africanos y europeos.Linda Newson afirma que no existen referencias a los misquitos y al parecer éstos surgieron a inicios del período colonial, emergiendo durante el siglo XVII. La referencia más temprana a los misquitos según Newson, la hace el bucanero Exquemelin, quien, en 1672, observó que formaban una pequeña nación de 1600 a 1700 habitantes. En 1681, Dampier, haciendo un estimado más conservador, observó que, No son más que una pequeña nación o familia, y no hay 100 hombres de ellos en número, habitando la tierra firme al norte, cerca del cabo Gracias a Dios; entre el cabo Honduras y Nicaragua.
Se ha sugerido, y parece probable, que los mosquitos sean un grupo puramente histórico que se origino en la mezcla de indígenas Sumos con negros que naufragaron en los Cayos Mosquitos en 1641.
En 1711, el Obispo de Nicaragua describió así el origen de los "Zambos ó Misquitos":
"En el año de 1641 se perdió un navío cargado de negros en la costa del mar del norte y en la parte entre la boca del Río San Juan, provincia de Nicaragua y la ciudad de Trujillo provincia de Honduras... recogiéndose la tercera parte de los negros y los demás se retiraron y guarecieron entre las malezas de aquellas montañas ocupadas por indios caribes que celosos y recelosos de aquellos nuevos huéspedes le hicieron guerra entre sí muy cruda, vencieron con el tiempo los negros a los caribes, retirándose estos montaña adentro hacia las tierras de Segovia y Chontales... quienes hoy en día tienen fiera enemistad con ellos... Con las mujeres de los vencidos se fueron multiplicando los vencedores, y por que ya murieron aquellos primeros huéspedes se llaman hoy sus descendientes zambos por ser hijos de negros y de indios."
Existe alguna evidencia biológica que apoya el origen racial mixto propuesto para los misquitos. En un examen de los grupos sanguíneos de indígenas tawahkas y misquitos de la zona del Río Segovia, Matson y Swanson encontraron que, mientras todos los Sumos pertenecen al grupo "O", la distribución de grupos sanguíneos entre los misquitos era de 90% "O", y el porcentaje restante de los tipos "A y B".
La próxima asociación entre los tawahkas y los misquitos puede verse en sus leyendas y lenguajes. Por ejemplo, una leyenda tawahka relata cómo los antepasados tribales, Mai-Sahana y Yapti-Misri, nacieron de una gran roca cerca del Río Patuca y luego dieron a luz a los misquitos, tawahka y ohlawa. Similarmente, la lengua misquita es más parecida al dialecto Bawihka del Tawahka. Sin embargo, sus mínimas variantes dialectales en comparación a los Sumos, cuyos dialectos varían tanto, que los distintos subgrupos encuentran dificultad para la comunicación, sugiere su origen más reciente. Además el dialecto de los misquitos tiene un mayor número de extranjerismos, especialmente del español y del inglés, existe alguna muestra, aunque leve de influencia africana.
De su origen localizado cerca del Cabo del Gracias a Dios, los zambos-misquitos se dispersaron a lo largo de la costa, desplazando y dominando a otros grupos indígenas, especialmente a los Payas y Tawahkas. Esta etnia fue extendiendo sus dominios a lo largo de la costa caribeña y aumentando su número también. En 1774, Long reportó que los Mosquitos eran más numerosos cerca del cabo de Gracias a Dios, especialmente río arriba por el Wanks, y alrededores de Sandy Bay, donde reside su rey?. Igualmente, había diferencias espaciales en la composición racial de los zambos-misquitos, siendo más fuertes la influencia negra al norte del cabo de Gracias a Dios y Sandy Bay, y la influencia indígena más dominante hacia el sur.
Esto probablemente refleja la ubicación del naufragio y el hecho de que el área hacia el norte recibió una influencia más constante de esclavos negros importados para trabajar en las plantaciones inglesas. A pesar de estas variantes espaciales en el carácter racial de la población que habitaba la Costa de los Mosquitos(como antiguamente se le nombraba), la mayoría de los documentos se refieren a los grupos mezclados de indios y negros colectivamente como zambos-misquitos.
Aparentemente, los misquitos surgieron del contacto estrecho con piratas ingleses y los comerciantes del caribe en el transcurso del siglo XVII, como resultado de la unión de indígenas con negros y algunos blancos. Los misquitos son hasta el presente ejemplo de etnia en la que a pesar de las mezclas raciales, se ha mantenido la herencia cultural indígena. Entre sus medios de subsistencia se encontraba el contrabando y el comercio de mercancías inglesas al igual que la venta de esclavos tomados prisioneros (pech y tawahkas) en sus correrías por los territorios vecinos. La institución de un reinado con carácter hereditario también formaba parte de la tradición misquita. El rey simbolizaba para los misquitos, la cima del orden político, representaba los intereses de su pueblo frente a los extranjeros, era el juez y la mayor autoridad militar. A la llegada de los ingleses la posición de éste rey fue legitimada por ellos y la "coronación" del mismo tenia lugar por mandato de los mismos ingleses en Jamaica o Belice (ambos lugares eran capitales del dominio ingles en el caribe). En la práctica el rey nunca tuvo ni autoridad ni supremacía alguna en lo que respecta al control de la política interna y externa, era una marioneta de los ingleses colocada solo como una figura central del poder local. Debido a esto, la comunidad y la familia ejercían los fundamentos de la vida política de los misquitos, cuya autonomía era apenas tocada por el poder estatal.
Precisamente la debilidad de la figura del rey misquito puede ser entendida como la garantía de una mayor autonomía de las comunidades indígenas. Los misquitos surgen como pueblo bajo condiciones coloniales, por ello entremezclan a menudo de manera indistinta, elementos propios y foráneos.
